平台已安装软件清单
| 软件名 | 软件类型 | 版本号 | 安装方式 |
| deeptools | 生物信息学工具集 | 3.5.3 | conda |
| deviate | 测试框架 | 0.3.8 | conda |
| dotnet | 开发框架 | 5.0.100 | conda |
| dram | 微生物基因组注释和功能分析工具 | 1.4.6 | conda |
| drep | 微生物基因组去冗余和比较分析工具 | 3.5.0 | conda |
| ecoprimers | 生物学信息学工具 | 1.0 | conda |
| evidencemodeler | 基因组注释工具 | 2.1.0 | conda |
| exonerate | 生物信息学序列比对工具 | 2.4.0 | conda |
| fastani | 生物信息学工具 | 1.34 | conda |
| fastp | 生物信息学工具 | 0.24.0 | conda |
| fastqc | 测序数据质控处理软件 | 0.12.1 | conda |
| fasttree | 生物信息学工具 | 2.1.11 | conda |
| fithic | 生物信息学工具 | 2.0.8 | conda |
| flye | 三代测序数据的基因组从头组装工具 | 2.9.5 | conda |
| FragGeneScan | 生物信息学基因预测工具 | 1.32 | conda |
| fuse | 文件系统软件 | 2.9.8 | 源码编译 |
| gatk | 基因组分析工具集 | 3.8 | conda |
| gawk | 文本处理工具 | 4.2.0 | conda |
| genomad | 生物信息学分析工具 | 1.8.1 | conda |
| getorganelle | 生物信息学工具 | 1.7.7.1 | conda |
| gffread | 生物信息学软件 | 0.12.7 | conda |
| git | 代码托管软件 | 2.29.2 | 源码编译 |
| gmap | 生物信息学比对工具 | 2021.08.25 | conda |
| gmx_mmpbsa | 生物大分子结合自由能的计算工具 | 1.5.0.3 | conda |
| gnuplot | 绘图工具 | 5.0.4 | conda |
| goatools | 生物学软件 | 1.2.3 | conda |
| hyphy | 生物学软件 | 2.5.65 | conda |
| idr | 生物学软件 | 2.0.4.2 | conda |
| imagemagick | 图像处理工具 | 7.1.1_43 | conda |
| iqtree | 生物学软件 | 2.3.6 | conda |
| isl | C/C++库 | 0.25 | conda |
| java_jdk | 开发工具包 | 11.0.2 | 官网下载 |
| kaiju | 宏基因组学中的物种分类和注释工具 | 1.10.1 | conda |
| kneaddata | 数据质控和过滤工具 | 0.12.1 | conda |
| kofamscan | 基因功能注释工具 | 1.3.0 | conda |
| kraken2 | 宏基因组序列的快速物种分类工具 | 2.1.3 | conda |
| lastz | 序列比对工具 | 1.04.41 | conda |
| lefse | 微生物组数据的统计分析工具 | 1.1.2 | conda |
| liblapack | 计算库 | 3.9.0 | conda |
| libpng | 图像处理库 | 1.6.39 | conda |
| libsqlite | 数据库 | 3.46.0 | conda |
| longqc | 长读长测序数据的质量控制和分析工具 | 1.2.0c | conda |
| lumpy-sv | 生物信息学工具 | 0.3.1 | conda |
| macsyfinder | 生物信息学工具 | 2.1.4 | conda |
| metaphlan2 | 生物信息学工具 | 2.96.1 | conda |
| multiqc | 生物信息学工具 | 1.27 | conda |
| nextpolish | 基因组组装的优化和校正 | 1.4.1 | conda |
| pandas | 数据分析库 | 1.1.3 | conda |
| phast | 基因组序列的进化分析和保守性分析 | 1.5 | conda |
| phyluce | 系统发育分析工具 | 1.6.8 | conda |
| picard | 生物信息学工具 | 3.3.0 | conda |
| popt | 解析库 | 1.16 | conda |
| porechop | 生物信息学工具 | 0.2.4 | conda |
| prokka | 原核生物基因组的注释工具 | 1.13.4 | conda |
| racon | 基因组组装校正工具 | 1.5.0 | conda |
| readline | 命令行编辑库 | 8.2 | conda |
| rename | 文件批量重命名工具 | 1.601 | conda |
| repeatmodeler | 基因组重复序列分析工具 | 2.0.6 | conda |
| rgi | 预测抗生素抗性基因的工具 | 6.0.3 | conda |
| ribocode | 核糖体分析数据处理和翻译 ORF 检测工具 | 1.2.15 | conda |
| ribotaper | 核糖体分析数据处理和翻译 ORF 检测工具 | 1.3.1 | conda |
| ribotish | 核糖体分析数据处理和翻译 ORF 检测工具 | 0.2.7 | conda |
| singularity | 容器 | 2.4.2 | conda |
| rmblast | 基因组重复序列检测工具 | 2.14.1 | conda |
| tophat | RNA-Seq 数据分析工具 | 2.1.1 | conda |
| svtools | 基因组结构变异分析的工具 | 0.5.1 | conda |
| tbb | C++并行编程库 | 2022.0.0 | conda |
| vcftools | 处理和分析VCF文件的工具 | 0.1.16 | conda |
| vdt | 生物学软件 | 0.4.4 | conda |
| braker3 | 基因组注释工具 | 3.0.8 | conda |
| breakdancer | 基因组结构变异检测的生物信息学工具 | 1.4.5 | conda |
| bowtie | 数据比对软件 | 1.1.2 | conda |
| bismark | 数据比对软件 | 0.24.2 | conda |
| transanno | 序列比对软件 | 0.4.5 | conda |
| subread | 转录组表达量计算 | 2.0.3 | conda |
| cpulimit | 系统资源管理工具 | 0.2 | conda |
| parallel | 并行处理工具 | 20241222 | conda |
| cutadapt | 生物信息学数据预处理工具 | 5.0 | conda |
| gcta | 群体遗传学和全基因组关联研究分析工具 | 1.94.1 | conda |
| phylip | 生物信息学分析工具 | 3.697 | conda |
| fastlmm | 全基因组关联分析工具 | 0.2.32 | conda |
| peer | 生物信息学分析工具 | 1.3 | conda |
| isoseq3 | 三代全长转录组分析软件 | 4.0.0 | conda |
| pbmm2 | 三代全长转录组分析软件 | 1.66.99 | conda |
| hifiasm | 基因组组装相关软件 | 0.24.0 | conda |
| purge_dups | 基因组组装相关软件 | 1.2.6 | conda |
| oatk | 基因组组装相关软件 | 1.0 | conda |
| quast | 基因组组装相关软件 | 5.0.2 | conda |
| gerp | 基因组组装相关软件 | 2.1 | conda |
| primer3 | 设计聚合酶链反应引物的开源软件 | 2.6.1 | conda |
| genometools | 基因组学分析的工具 | 1.2.1 | conda |
| jasminesv | 结构变异检测的工具 | 1.1.5 | conda |
| kmergenie | 估计最佳k-mer长度的工具 | 1.7051 | conda |
| hichipper | 分析Hi-C和HiChIP数据的工具 | 0.7.7 | conda |
| statsmodels | Python库 | 0.14.4 | conda |
| r-circlize | 展示基因组数据工具 | 0.4.16 | conda |
| r-cmplot | 全基因组关联研究工具 | 4.1.0 | conda |
| r-cowplot | 组合和排列多个图形工具 | 1.1.3 | conda |
| devtools | R包的开发和测试工具 | 0.12.2 | conda |
| r-data.table | 高效的数据操作和处理工具 | 1.16.4 | conda |
| r-dplyr | 数据操作和转换工具 | 1.1.4 | conda |
| r-dtwclust | 时间序列聚类工具 | 6.0.0 | conda |
| r-gggenes | 绘制基因组相关的图形工具 | 0.5.1 | conda |
| r-factoextra | 提取和可视化聚类分析结果 | 1.0.7 | conda |
| r-ggplot2 | R语言绘图包 | 3.5.1 | conda |
| r-ggsci | 科学杂志风格的调色板 | 3.2.0 | conda |
| r-ggthemes | 自定义图形外观工具 | 5.1.0 | conda |
| r-ggpubr | 生成符合科学出版标准的图形工具 | 0.6.0 | conda |
| r-glmnet | 拟合广义线性模型工具 | 4.1.8 | conda |
| r-gmodels | 统计建模和分析工具 | 2.19.1 | conda |
| r-gplots | 数据可视化工具 | 3.2.0 | conda |
| r-gtools | 数据处理工具 | 3.9.5 | conda |
| r-harmony | 多组学数据的整合分析工具 | 1.2.3 | conda |
| r-here | 路径管理工具 | 1.0.1 | conda |
| r-hmisc | 数据处理和统计分析工具 | 5.2_2 | conda |
| r-igraph | 图论分析工具 | 2.0.3 | conda |
| r-irlba | 大规模矩阵分解工具 | 2.3.5.1 | conda |
| r-mashr | 多数据集的贝叶斯分析工具 | 0.2.79 | conda |
| r-matrix | 矩阵运算工具 | 1.7_2 | conda |
| r-mclust | 基于模型的聚类分析工具 | 6.1.1 | conda |
| r-mgcv | 拟合广义可加模型工具 | 1.9_1 | conda |
| r-nabor | 高效的空间搜索工具 | 0.5.0 | conda |
| r-optparse | 解析命令行参数工具 | 1.7.5 | conda |
| r-pandoc | 文档转换工具 | 0.2.0 | conda |
| r-patchwork | 组合和排列多个图形的R包 | 1.3.0 | conda |
| r-pheatmap | 生成热图工具 | 1.0.12 | codda |
| r-plotly | 生成交互式图形工具 | 4.10.4 | conda |
| r-png | 读取和写入PNG图像工具 | 0.1_8 | conda |
| r-psych | 心理学和行为科学的统计分析工具 | 2.4.12 | conda |
| r-qs | 快速序列化和反序列化R对象工具 | 0.26.3 | conda |
| r-qqman | 生成QQ图和Manhattan图工具 | 0.1.9 | conda |
| r-rann | 快速最近邻搜索工具 | 2.6.2 | conda |
| r-rcolorbrewer | 调色板 | 1.1_3 | conda |
| r-reshape2 | 数据重塑 | 1.4.4 | conda |
| r-rcppml | 机器学习的Rcpp接口 | 0.3.7 | conda |
| r-scales | 图形的刻度和颜色映射工具 | 1.3.0 | conda |
| traitar | 性状关联分析和基因组学研究工具 | 3.0.1 | conda |
| ppanggolin | 分析微生物基因组的泛基因组结构工具 | 1.2.74 | conda |
| roary | 微生物基因组的泛基因组分析工具 | 3.12.0 | conda |
| snap | 基因组注释工具 | 2013_11_29 | conda |
| zlib | 通用的压缩库 | 1.2.11 | conda |
| texlive-core | 生成科学文档和报告工具 | 20230313 | conda |
| augustus | 基因预测和基因组注释工具 | 3.3.3 | conda |
| bs-seeker2 | 分析甲基化测序数据工具 | 2.1.7 | conda |
| jellyfish | 快速计算k-mer频率的工具 | 2.2.10 | conda |
| jellyfish | 快速计算k-mer频率的工具 | 0.7.2 | conda |
| libffi | 外部函数接口库 | 3.4.2 | conda |
| mod_wsgi | 服务器网关接口模块 | 5.0.1 | conda |
| nanopolish | Nanopore测序数据分析的工具 | 0.13.2 | conda |
| nanopolish | Nanopore测序数据分析的工具 | 0.14.0 | conda |
| phylobayes-mpi | 贝叶斯系统发育分析的工具 | 1.9 | conda |
| rmats | RNA-seq数据的可变剪切分析工具 | 4.1.2 | conda |
| r-ngsplot | 二代测序数据可视化的R包 | 2.63 | conda |
| biopython | 生物信息学分析的Python库 | 1.84 | conda |
| obitools | 生物信息学分析的工具集 | 1.2.13 | conda |
| r-rcppplanc | 非负矩阵/张量分解工具 | 1.0.0_rc3 | conda |
| r-archr | 单细胞RNA-seq数据的分析工具 | 1.0.3 | conda |
| r-liger | 单细胞RNA-seq数据的集成分析工具 | 2.1.0 | conda |
| r-pophelper | 群体遗传学分析的R包 | 2.3.1 | conda |
| r-qtlseqr | QTL分析的R包 | 0.7.5.2 | conda |
| r-markdown | 生成动态报告的R包 | 1.13 | conda |
| psrobot | 小RNA靶标预测的工具 | 1.2 | 源码编译 |
| openssl | 安全通信和数据加密工具 | 1.1.1h | conda |
| python | 预编译的二进制包 | 2.7.15 | conda |
| python | 预编译的二进制包 | 3.9.4 | conda |
| trinity | 从 RNA-Seq 数据中进行转录本的从头组装工具 | 2.11.0 | conda |
| trinity | 从 RNA-Seq 数据中进行转录本的从头组装工具 | 2.9.1 | conda |
| cmake | 构建系统工具 | 3.31.1 | conda |
| cmake | 构建系统工具 | 3.25.0 | conda |
| cmake | 构建系统工具 | 3.30.0 | conda |
| python | 预编译的二进制包 | 3.11.0 | conda |
| phantompeakqualtools | 用于计算 ChIP-seq、DNase-seq、FAIRE-seq 和 MNase-seq 数据的质量和富集度指标的工具包 | 1.2.2 | conda |
| 软件名 | 类型 | 版本号 | 安装方式 |
| mafft | 工具 | 7.525 | conda安装 |
| mash | 工具 | 2.3 | conda安装 |
| maker | 工具 | 3.01.03 | conda安装 |
| metabat2 | 工具 | 2.17 | conda安装 |
| metawrap | 工具 | 0.0.2 | conda安装 |
| mirge3 | 工具 | 0.1.4 | conda安装 |
| mummer_v3.23 | 工具 | 3.23 | conda安装 |
| muscle | 工具 | 5.3 | conda安装 |
| macs2 | 工具 | 2.2.9.1 | conda安装 |
| mutmap | 工具 | 2.3.9 | conda安装 |
| mysqlclient | 库 | 2.2.7 | conda安装 |
| openblas | 库 | 0.3.28 | conda安装 |
| openmpi_3.1.0 | 工具 | 5.0.6 | conda安装 |
| salmon | 工具 | 1.10.3 | conda安装 |
| sambamba | 工具 | 1.0.1 | conda安装 |
| samtools-1.11 | 工具 | 1.11 | conda安装 |
| seqtk | 工具 | 1.4 | conda安装 |
| sicer2 | 工具 | 1.0.3 | conda安装 |
| smcpp | 工具 | 1.15.4 | conda安装 |
| snpeff | 工具 | 5.2 | conda安装 |
| spades | 工具 | 4.0.0 | conda安装 |
| STAR_2.7.5b | 工具 | 2.7.5b | conda安装 |
| stringtie | 工具 | 3.0.0 | conda安装 |
| tabix | 工具 | 1.11 | conda安装 |
| trinity_v2.13.2 | 工具 | 2.13.2 | conda安装 |
| wgdi | 工具 | 0.74 | conda安装 |
| wgd_v2.0.38 | 工具 | 2.0.38 | conda安装 |
| mfold-3.5 | 工具 | 3.5 | 编译安装 |
| mpc-1.1.0 | 库 | 1.1.0 | 编译安装 |
| minimap2 | 工具 | 2.24 | 编译安装 |
| gcc8.2.0 | 编译器 | 8.2.0 | 编译安装 |
| blat/35 | 工具 | 35 | 编译安装 |
| boost/1.66.0 | 库 | 1.66.0 | 编译安装 |
| boost/1.74.0 | 库 | 1.74.0 | 编译安装 |
| ccsmeth | 工具 | 0.5.0 | conda安装 |
| canu | 工具 | 2.2 | 编译安装 |
| cdbtools | 工具 | 0.99 | conda安装 |
| cd-hit | 工具 | 4.8.1 | 编译安装 |
| checkm | 工具 | 1.2.2 | conda安装 |
| gromacs-2020.6 | 工具 | 2020.6 | 编译安装 |
| amber23 | 工具 | 23.6 | conda安装 |
| gsalign | 工具 | 1.0.22 | conda安装 |
| gtdbtk | 工具 | 1.2.0 | conda安装 |
| hdf5/1.14.5 | 库 | 1.14.5 | 编译安装 |
| hisat2 | 工具 | 2.2.1 | conda安装 |
| hmmer-3.3.2 | 工具 | 3.3.2 | 编译安装 |
| homer | 工具 | 5.1 | conda安装 |
| htseq | 库 | 2.0.5 | conda安装 |
| humann2 | 工具 | 2.8.1 | conda安装 |
| tmalign | 工具 | 20220412 | 编译安装 |
| trimal_v1.5.0 | 工具 | 1.5.0 | 编译安装 |
| trinity_v2.13.2 | 工具 | 2.13.2 | conda安装 |
| viennarna | 工具 | 2.7.0 | conda安装 |
| wgdi | 工具 | 0.74 | conda安装 |
| wgd_v2.0.38 | 工具 | 2.0.38 | conda安装 |
| CrossMap | 工具 | 0.7.0 | conda安装 |
| mummer4 | 工具 | 4.0.1 | conda安装 |
| mcscan | 工具 | 0.8 | 编译安装 |
| mmseqs | 工具 | 2 | 编译安装 |
| python | 编译器 | 3.8.10 | 编译安装 |
| circos | 工具 | 0.69-8 | conda安装 |
| samtools | 工具 | 1.19 | conda安装 |
| taxonkit | 工具 | 0.18.0 | conda安装 |
| mamba | 工具 | 2.0.6 | conda安装 |
| mcl_v22 | 工具 | 22-282 | conda安装 |
| zsh | 解释器 | 5.9 | conda安装 |
| TransDecoder | 解释器 | 5.5.0 | conda安装 |
| TrimGalore_v0.6.4 | 工具 | 0.6.4 | conda安装 |
| TrimGalore_v0.6.7 | 工具 | 0.6.7 | conda安装 |
| tRNAscan-SE_v2.0.9 | 工具 | 2.0.9 | conda安装 |
| autodock | 工具 | 4.2.6 | conda安装 |
| autodock_vina_1_1_2 | 工具 | 1.1.2 | conda安装 |
| coloc | 工具 | 0.4.2 | 编译安装 |
| angsd | 工具 | 0.933 | conda安装 |
| LDAK | 工具 | 6 | 编译安装 |
| viridis | 工具 | 3.9.1 | conda安装 |
| vioplot | 工具 | 0.5.0 | conda安装 |
| vegan | 工具 | 2.6_10 | conda安装 |
| uwot | R 包 | 0.2.2 | conda安装 |
| tidyverse | R 包 | 2.0.0 | conda安装 |
| tidyr | R 包 | 1.3.1 | conda安装 |
| symphony | 软件 | 0.1.1 | conda安装 |
| SummarizedExperiment | R 包 | 1.4.0 | conda安装 |
| stringr | R 包 | 1.5.1 | conda安装 |
| splines | R 包 | 0.5.3 | conda安装 |
| speedglm | R 包 | 0.3_5 | conda安装 |
| seurat | R 包 | 5.1.0 | conda安装 |
| minimap2 | 工具 | 2.28 | conda安装 |
| miniasm | 工具 | 0.3 | conda安装 |
| ragtag | 工具 | 2.1.0 | conda安装 |
| nanofilt | 工具 | 2.8.0 | conda安装 |
| nanolyse | 工具 | 1.2.1 | conda安装 |
| chopper | 工具 | 0.9.0 | conda安装 |
| nanostat | 工具 | 1.4.0 | conda安装 |
| anchorwave | 工具 | 1.2.5 | conda安装 |
| seqkit | 工具 | 2.9.0 | conda安装 |
| cpc2 | 工具 | 1.0.1 | conda安装 |
| augustus | 工具 | 3.3.3 | conda安装 |
| gemoma | 工具 | 1.7.1 | conda安装 |
| meme | 工具 | 5.3.0 | conda安装 |
| bwa | 工具 | 0.7.18 | conda安装 |
| mcscanx | 工具 | 1.0.0 | conda安装 |
| hmmer | 工具 | 3.4 | conda安装 |
| igvtools | 工具 | 2.17.3 | conda安装 |
| gffcompare | 工具 | 0.12.6 | conda安装 |
| RAxML | 工具 | 8.2.12 | conda安装 |
| poplddecay | 工具 | 3.43 | conda安装 |
| gemma | 工具 | 0.98.3 | conda安装 |
| r-smr | R 包 | 2.0.1 | conda安装 |
| INSurVeyor | 工具 | 1.1.3 | conda安装 |
| bowtie2 | 工具 | 2.3.0 | conda安装 |
| plotly | 工具 | plotly | conda安装 |
| admixture | 工具 | 1.3.0 | conda安装 |
| nanocomp | 工具 | 1.24.2 | conda安装 |
| coreutils | 工具 | 9.5 | conda安装 |
| nanoplot | 工具 | 1.44.1 | conda安装 |
| braker2-2.1.5 | 工具 | 2.1.5 | conda安装 |
| braker2-2.1.6 | 工具 | 2.1.6 | conda安装 |
| eggnog-mapper | 工具 | 2.1.12 | conda安装 |
| enrichm | 工具 | 0.6.5 | conda安装 |
| guppy3 | 软件 | 3.1.3 | conda安装 |
| ltr_retriever | 工具 | 3.0.1 | conda安装 |
| meme_v5.4.1 | 工具 | 5.4.1 | conda安装 |
| r-network | 工具 | 1.18.2 | conda安装 |
| miniconda2 | 工具 | 4.8.3 | 编译安装 |
| ntfs-3g | 工具 | 2022.10.3 | 编译安装 |
| verkko | 工具 | 2.2.1 | conda安装 |
| psmisc | 工具 | 22.14 | 编译安装 |
| R | 编程语言 | 4.1 | conda安装 |
| ucsc-bedclip | 工具 | 469 | conda安装 |
| ucsc-bedgraphtobigwig | 工具 | 472 | conda安装 |
| ucsc-bigwigmerge | 工具 | 469 | conda安装 |
| bpp-phyl | 工具 | 2.4.1 | conda安装 |
| deepbgc | 工具 | 0.1.31 | conda安装 |
| bioconductor-clusterprofiler | 工具 | 4.14.0 | conda安装 |
| dfam | 数据库 | 3.7 | conda安装 |
