根据《南京农业大学高性能计算公共平台管理办法》，学校成立“南京农业大学高性能计算公共平台管理委员会”（以下简称“管委会”），管委会是平台规划、决策和咨询机构，负责指导、检查、监督平台的建设、运行和管理，对重大问题作出决策和建议，并接受学校和职能部门指导。
管委会由一名主任和若干委员组成，主任由分管校领领导担任，委员由校长办公室、发展规划与政策研究处、教务处、研究生院、科学研究院、计财与国有资产处、实验室与基地处、信息化建设中心负责人和近年来排列前 2 位的出资方代表、近三年内平台使用排列前 4 名的校内教师代表或对平台建设与管理有突出贡献的专家组成。
管委会下设办公室，办公室设在信息化建设中心。办公室下设秘书一人，由高性能计算中心主任担任，负责管委会的日常事务。
信息化建设中心是平台建设与管理的责任单位，信息化建设中心下设高性能计算中心，负责落实平台各项规章制度，制定平台操作规程，承担平台日常运维、系统管理、使用培训和技术服务等工作。
高性能计算中心办公室位于滨江校区图书馆西辅楼W205，电话：58606545。
